In the city of Babahoyo, the sale of fresh cheese is a common activity, however, there is a lack of knowledge of good handling and hygiene practices that must be maintained for this type of process. The objective of this research was to carry out a microbiological analysis of the fresh cheeses that are commercialized in the city of Babahoyo and thus determine if this food complies with the quality standards for its consumption as indicated by the Ecuadorian technical regulation NTE INEN 1528-2012: For this purpose, 35 samples of 250g each were taken, which in turn underwent a microbiological quality control examination regarding the determination of Staphylococcus aureus, Enterobacterias and Salmonella sp., A Completely randomized experimental design (DCA) with 3 replications. After having carried out the respective microbiological analysis, the presence of bacterial load was reported in the following order: Staphylococcus aureus, presented an average population of 82.88±30.58 CFUg-1, Enterobacteria, were reported with an average of 754.57±292.84 CFUg-1 and Salmonella sp, presented an average value of 0.70±0.98 25g-1 of product, showing that there was a significant difference between the groups of pathogenic bacteria analyzed (p<0.05). Therefore, it could be concluded that the inadequate sale of fresh cheese in the 3 municipal markets evaluated represents a threat to food safety and public health of consumers in this city.En la ciudad de Babahoyo el expendio de queso fresco, se constituye en una actividad común, sin embargo, existe un desconocimiento de las buenas prácticas de manipulación e higiene que se debe mantener para este tipo de procesos. El objetivo de la presente investigación fue realizar un análisis microbiológico de los quesos frescos que se comercializan en la ciudad de Babahoyo y así determinar si este alimento cumple con los estándares de calidad para su consumo tal como lo señala la normativa técnica Ecuatoriana NTE INEN 1528-2012: Con este fin se tomaron 35 muestras de 250g cada una, a las que a su vez se les realizó un examen microbiológico de control de calidad en lo que respecta a la determinación de Staphylococcus aureus, Enterobacterias y Salmonella sp., se empleó un diseño experimental completamente al azar (DCA) con 3 repeticiones. Después de haber realizado el análisis microbiológico respectivo, se reportó presencia de carga bacteriana en el siguiente orden: Staphylococcus aureus, presentó una población promedio de 82,88±30,58 UFC g-1, las Enterobacterias, se reportaron con un promedio de 754,57±292,84 UFC g-1 y Salmonella sp, presento un valor promedio de 0,70±0,98 25g-1 de producto, evidenciando que existio diferencia significativa entre los grupos de bacterias patógenas analizadas (p<0,05). Por lo que se pudo concluir que el expendio inadecuado del queso fresco en los 3 mercados municipales evaluados, representan una amenaza para la seguridad alimentaria y la salud pública de los consumidores de esta ciudad.