In this study, genetic diversity in 19 citrus cultivars was analyzed using Simple Sequence Repeat (SSR), Inter-simple Sequence Repeat (ISSR) and cleaved amplified polymorphic sequence (CAPS) markers. Nine primers for SSR, nine ISSR primers and two primers for CAPS were used for allele scoring. One chloroplast DNA region (rbcL-ORF106) and one mitochondrial DNA region (18S-5S) were analyzed using cleaved amplified polymorphic sequence (CAPS) marker in 19 citrus accessions grown in Iran. In total, 45 SSR and 131 ISSR polymorphic alleles and tree organelle genome types were detected. Cluster analysis of SSR and ISSR data was performed using UPGMA method and based on Jaccard's coefficient. The result of this investigation showed that the SSR and ISSR primers were highly informative and efficient in detecting genetic variability and relationships of the citrus accessions. And CAPS marker analysis Results showed that Bakraee and one of off type Mexican lime had banding pattern similar to Clementine Mandarin, while Pummelo regarded as maternal parent of other studied genotypes Citron regarded as father parent showed definite banding pattern among 19 studied genotypes which it confirmed Cytoplasmic inheritance from mother cellular organelles.En este estudio, se analizó la diversidad genética en 19 cultivares de cítricos mediante la repetición de secuencia simple (SSR), la repetición de secuencia inter-simple (ISSR) y los marcadores de secuencia polimórfica amplificada segmentada (CAPS). Se utilizaron nueve cebadores para SSR, nueve cebadores ISSR y dos cebadores para CAPS para la puntuación del alelo. Se analizaron una región de ADN de cloroplasto (rbcL-ORF106) y una región de ADN mitocondrial (18S-5S) usando marcador de secuencia polimórfica amplificada escindida (CAPS) en 19 accesiones de cítricos cultivadas en Irán. En total, se detectaron 45 genes SSR y 131 ISSR polimórficos alelos y organelos del genoma del árbol. El análisis de conglomerados de los datos SSR y ISSR se realizó utilizando el método UPGMA y se basó en el coeficiente de Jaccard. El resultado de esta investigación mostró que los cebadores SSR e ISSR eran altamente informativos y eficientes para detectar la variabilidad genética y las relaciones de las accesiones de los cítricos. Y el análisis de marcadores de CAPS Los resultados mostraron que Bakraee y uno de tipo off cal mexicana tenían un patrón de bandas similar al Clementine Mandarin, mientras que Pummelo se consideraba como padre materno de otros genotipos estudiados Citron considerado como padre padre mostró un patrón de bandas definido entre 19 genotipos estudiados que confirmó Citoplasma herencia de orgánulos celulares de la madre.