Salmonella enterica subsp. enterica (S.) sorovar Enteritidis é um dos principais patógenos envolvidos em doenças de origem alimentar em todo o mundo. Em investigações epidemiológicas de salmoneloses relacionadas a alimentos, a subtipificação é necessária para aprimorar medidas de controle e prevenção. A análise através do polimorfismo de comprimento do fragmento amplificado utilizando uma única enzima de restrição (SE-AFLP) é um protocolo modificado de AFLP que utiliza uma única enzima de restrição para produzir fragmentos de DNA que são seletivamente amplificados por PCR. Para verificar a aplicabilidade da SE-AFLP na tipificação de S. Enteritidis, cento e oito cepas isoladas de galinhas, suínos e também de surtos de salmonelose humana do sul do Brasil foram analisadas. Cepas de outros paises e seis sorovares diferentes de S. enterica também foram incluídos como controles. A SE-AFLP foi capaz de distinguir S. Enteritidis dos outros sorovares de S. enterica analisados. Contudo, a maioria das cepas de S. Enteritidis isoladas de galinhas, de surtos de salmonelose e a maioria das cepas de outros paises compartilharam um mesmo padrão predominante. A baixa diversidade genética determinada nas cepas de S. Enteritidis sugere que as cepas analisadas são relacionadas clonalmente e que um genótipo predominante de SE-AFLP está largamente disseminado no sul do Brasil.Salmonella enterica subsp. enterica (S.) serovar Enteritidis is one of the main pathogens involved in food-borne diseases worldwide. In epidemiological investigations of food-related salmonellosis, subtyping is necessary to improve preventive and control measures. Single-enzyme amplified fragment length polymorphism (SE-AFLP) analysis is a modified AFLP that uses only one restriction enzyme to produce DNA fragments that are selectively amplified by PCR. In order to assess the applicability of SE-AFLP in S. Enteritidis typing, one hundred and eight strains isolated from poultry, swine and also from human salmonellosis outbreaks in Southern Brazil were analyzed. Strains from other countries and six different S. enterica serovars were also included as controls. SE-AFLP was able to distinguish S. Enteritidis from the other S. enterica serovars analyzed. However, most of S. Enteritidis strains isolated from poultry, salmonellosis outbreaks and most of the strains from other countries shared the same predominant pattern. The low genetic diversity identified in S. Enteritidis suggests that the strains analyzed are clonally related and one predominant SE-AFLP genotype is widely spread in Southern Brazil.