El estudio: “Características macroscópicas, microscópicas, estimación de parámetros de motilidad y determinación de subpoblaciones espermáticas en semen de cuy (Cavia porcellus)”, se realizó desde el mes de Febrero a Julio del 2018 en el Centro de Investigación en Camélidos Sudamericanos CICAS -La Raya de la Facultad de Ciencias Agrarias, Escuela Profesional de Zootecnia, de la UNSAAC. Se colectó muestras de semen de 5 cuyes domésticos machos del tipo 1, de 3- 4 meses de edad, por el método de electro eyaculación, realizándose un total de 21 colectas. Las variables macroscópicas se evaluaron visualmente y las variables microscópicas se evaluaron con el Integrated Semen Análisis System: se empleó la estadística descriptiva en las variables macroscópicas y un arreglo factorial en bloques para las variables microscópicas. No se halló diferencias significativas entre animales (p>0.05), para la motilidad progresiva, motilidad no progresiva, motilidad total, concentración, vitalidad, funcionalidad de la membrana espermática e integridad de la membrana acrosomal. Los parámetros de motilidad como VCL, VSL, VAP, LIN, WOB, STR, ALH Y BCF, presentan diferencias significativas entre animales (p<0.05). Se hallaron diferencias significativas entre la aglutinación de colas (p<0.05), siendo los espermatozoides aglutinados de 4 y más de 5 colas los que presentan mayor promedio en los parámetros de motilidad de la VCL, VSL, VAP Y ALH, mientras que los espermatozoide de 1 cola son los que presentan mayor promedio en los parámetros de motilidad del LIN, STR, WOB Y BCF. Con el procedimiento PRINCOMP del SAS, se determinaron el número de PCA, luego con FASTCLUS se establecieron los clúster que vienen a ser las subpoblaciones. Se identificaron 4 subpoblaciones espermáticas: SPE 1, es calificada como lentos; SPE 2, es calificada como rápidos; SPE 3, es calificada como muy rápidos y SPE 4,es calificada como intermedios.Tesis