Introducción: El alta hospitalaria será el indicador sobre la calidad de atención y capacidad resolutiva del hospital sobre los recién nacidos. Objetivo: Determinar los factores de riesgo asociados al alta hospitalaria tardía de los recién nacidos en el Hospital María Auxiliadora durante el periodo Enero 2018 a Agosto 2019. Metodología: Estudio observacional, descriptivo y con diseño tipo casos y controles siendo el punto de corte ≥ 3días respectivamente. Resultados: Del total de muestra 9900, 4436 (44.8%) como casos y 5464 (55.20%) como controles. De los casos, los factores de riesgo en maternos el 31.1% fueron hijos de madres en edades inadecuadas siendo las madres adolescentes; el 3.9% de madres presentaron patologías; el parto por cesárea fueron 74.3%, según el sexo predominó el masculino 54.1.Para la edad gestacional fueron pre término y post término el 10.6% y 0.7%; según el peso al nacer los de bajo peso fueron el 10.6% al igual que los macrosómicos; del peso para la edad gestacional los inadecuados fueron el 87%,y la prevalencia de los diagnósticos en los tres primeros días de vida fueron las afecciones originadas en el periodo perinatal con un 17.2% (predominando la ictericia neonatal un 39%, 67% y 39%) ; 33.3% y 14.6% respectivamente. Conclusión: los factores de riesgo para el alta hospitalaria significativos estadísticamente fueron tardía: las madres adolescentes (OR:1.32), tener algún antecedente patológico previo (OR:1.50), el parto por vía cesárea (OR:6.73), los pequeños (OR:1.37) y adecuados (OR:1.29) para la edad gestacional y presentar alguna comorbilidad en los primeros días de vida (OR: 9.48, 4.23 y 4.62 respectivamente).