El abandono y el rezago escolar son fenómenos que involucran factores individuales, escolares, sociales e institucionales. Uno de los factores individuales que afectan el rendimiento escolar son los problemas de salud (Levitz et al., 1999; Aloise, Cruciksank & Chávez, 2002; Needham, Crosnoe & Muller, 2004; Bridgeland, Dilulio & Burke, 2006; Piko, 2007; WHO, 2008). Este trabajo presenta los resultados de un estudio exploratorio de la relación del desempeño escolar con la información sobre salud que se recaba mediante el Examen Médico Automatizado (EMA) de los alumnos de una generación de los dos subsistemas del bachillerato de la Universidad Nacional Autónoma de México (UNAM). Participaron 13,024 de la Escuela Nacional Preparatoria (ENP) y 14,036 del Colegio de Ciencias y Humanidades (CCH) de una generación del bachillerato que contestaron el EMA. Su desempeño escolar se midió mediante un índice de desempeño escolar y cinco tipos de desempeño escolar —Muy alto, Alto, Medio, Bajo, Muy bajo— al término del primero y segundo año del bachillerato. Los resultados comprenden la descripción de las características de los alumnos de la generación objeto del estudio con base en sus respuestas al cuestionario y los análisis de la relación de los componentes del EMA —reactivos o factores identificados—con el desempeño escolar. Se encontró que la mayoría de los alumnos de la generación en estudio de ambos subsistemas —ENP y CCH— de la UNAM percibieron que tienen una buena salud física y mental y un entorno familiar, social, escolar y socioeconómico adecuado. Además, que el desempeño escolar de estos alumnos se relaciona con problemas de salud —agudeza visual, síntomas físicos o enfermedades, antecedentes de enfermedades en la familia, automedicación, accidentes—; alimentación —hábitos alimenticios, consumo de alimentos—; vida sexual; salud mental —métodos para bajar de peso, depresión e ideas de suicidio, ansiedad—; relaciones interpersonales —personales y familiares—; violencia —sexual, física o psicológica—; consumo de sustancias psicoactivas —tabaco, alcohol, drogas—; actividades extraescolares —uso del tiempo libre, tiempo libre que pasa con personas, hacer deporte—; nivel socioeconómico —disponibilidad de bienes y servicios, escolaridad de los padres—; y ambiente escolar —escuela de procedencia, percepción sobre su escuela secundaria, tiempo que invierte en transportarse a su escuela actual—. Estos resultados permiten a las autoridades educativas respectivas identificar grupos vulnerables en el bachillerato de la UNAM de forma oportuna para disminuir las probabilidades de abandono escolar.