A molecular characterization of 105 accessions of cacao (79 nationals, 21 hybrids and 5 creoles) plant was conducted using 10 (SSR) molecular markers. Seventy-nine accessions collected around the country were comprised into 8 groups according to geographic site (Rio San Juan, Creoles reference, hybrids reference, Carazo, Rivas, Matagalpa, Jinotega, RAAS). Twenty-one hybrids and 5 creoles samples were using as reference materials. A total of 183 alleles were identified in 105 accessions with a mean of 18.3. The observed and expected heterosigocity were higher with 0.437 and 0.81 MTc- CIR12, respectively. The means of PIC and Shannon index were 0.87 and 1.37 respectively. The analysis of variance revealed high difference within group (85%) and low differences among groups (15%). The PCA was found collected materials that were genetically similar to creoles references, in the case of RSJ 0211, RSJ 0311, RSJ 0511, Bomat0510, Ji0210, Ji-Cua materials RSJ0411 0104 and are closely related. It was shown that a high genetic diversity and that are promising materials for future breeding studies.Se realizó una caracterización molecular a 105 accesiones de cacao de 79 colectas nacionales, 21 híbridos de referencia y cinco materiales criollos de referencia agrupados en ocho grupos (Rio San Juan, Criollos referencia, híbridos referencia, Carazo, Rivas, Matagalpa, Jinotega y RAAS), utilizando 10 marcadores moleculares tipo SSR con el objetivo de conocer la diversidad genética del cacao colectado en fincas de productores nicaragüenses. Se utilizó el método de extracción de ADN CTAB-Búfer, amplificación de fragmentos de ADN mediante la técnica de la cadena de reacción de la polimerasa (PCR), visualización de fragmentos de ADN en cámara electroforesis. Se identificaron 183 alelos en las 105 accesiones con una media de 18.3, los rangos de heterosigocidad observada y esperada resultaron mayores para MTcCIR12 con 0.437 y 0.81 respectivamente; La media general del contenido de información polimórfica (CIP) e Índice de Shannon para todos los locus es de 0.87 y 1.37 respectivamente; el análisis molecular de varianza reveló que las diferencias genéticas dentro de los grupos (85%), mayor que las diferencias entre grupos (15%). En el análisis de componentes principales (PCA) se encontró cacaos colectados que resultaron genéticamente parecidos a los criollos referencias, es el caso de RSJ0211, RSJ 0311, RSJ 0511, Bomat0510, Ji0210; los materiales Ji-Cuá 0104 y RSJ0411 están estrechamente relacionados. Se demostró que existe una alta diversidad genética y que existen materiales promisorios para posteriores estudios de mejora genética.