El presente estudio buscó analizar los cambios ocurridos en la subcuenca del río Aguas Calientes desde la ocurrencia del Huracán Mitch, en 1998, hasta el 2006, en cuanto a los mecanismos de asociatividad y de organización para el manejo de los recursos naturales. Un total de 18 actores directos realizan acciones en la subcuenca; sin embargo, brindan una atención desigual en relación con el número de familias por comunidad. Esto genera desigualdad en el desarrollo socioeconómico de las familias y en muchos casos limita la sostenibilidad institucional debido a la carencia de estrategias de colaboración entre los actores que trabajan en la misma zona. Se evidenció la fragmentación en el liderazgo, lo que dificulta la participación y colaboración conjunta para la toma de decisiones a nivel comunitario. La cogestión de cuencas como enfoque de coordinación y concertación para el manejo de recursos naturales todavía está en proceso de desarrollo en la subcuenca del río Aguas Calientes y requiere de mayor participación de actores claves para su consolidación. El comité de cuencas podría ser el mecanismo que promueva una gobernanza sostenible y positiva de los recursos naturales.