La planificación sistemática de la conservación es uno de los mecanismos que permite identificar redes de áreas protegidas que aseguren el mantenimiento a largo plazo de la biodiversidad y de los procesos que la sustentan. La planificación sistemática de las áreas protegidas (AP) puede servir como un instrumento que oriente a los países miembros en la implementación de una buena parte de sus Programas de Trabajo en Áreas Protegidas y en sus esfuerzos de conservación efectiva de la biodiversidad. En Costa Rica, desde la década de 1960 se iniciaron esfuerzos para el diseño de un sistema de AP con el objetivo de conservar el mayor remanente posible de biodiversidad. Recientemente, el país –junto con socios estratégicos ‑ ha empezado a actualizar y generar nueva información relevante para la planificación del sistema de AP y corredores biológicos. Este artículo quiere, como preámbulo del presente Número Especial de la Revista Recursos Naturales y Ambiente, ofrecer el marco conceptual de los instrumentos utilizados en la planificación sistemática de los sistemas de AP y corredores biológicos, así como los principales desafíos asociados con cada uno de ellos. Adicionalmente, se brindan algunas reflexiones que deben tenerse en cuenta para la planificación de sistemas de áreas protegidas en el futuro.