El análisis de los vacíos de conservación en Costa Rica se realizó entre 2006-2007. Dicho análisis permitió ordenar espacialmente los elementos de la diversidad en los sistemas de aguas continentales y cuantificar su integridad ecológica y su representatividad. La biodiversidad fue clasificada hasta el nivel de sistemas ecológicos; las metas ecológicas fueron establecidas hasta el nivel de unidades ecológicas de drenaje (UED) como mecanismo de duplicación o sustitución para enfrentar los efectos impredecibles del cambio climático. Los objetos de conservación fueron los sistemas lénticos, los sistemas lóticos y las especies endémicas de peces. El sistema de conservación actual cubre 23 tipos de sistemas lénticos (3 quedan sin representación). En el ámbito de las UED, la propuesta actual de conservación se compone de 44 cuerpos de agua. Para los sistemas lóticos, las ASP cubren 47, de los 64 tipos existentes en el país; aunque únicamente 23 cumplen con la meta establecida. La propuesta de conservación alcanza los 41 tipos de sistemas lóticos en 471,24 km lineales de cauces. Entre las especies de peces endémicas, cinco requieren un total de 440 km lineales o 456 km2 en área de drenaje mínima para lograr la meta ecológica establecida.