En el año 1996 se realizó el primer análisis de necesidades para el mantenimiento y conservación de la biodiversidad en Costa Rica. Durante los últimos diez años se ha generado gran cantidad de información nueva y más detallada, incluyendo una clasificación de los ecosistemas, que permitiría la revisión y actualización de las prioridades de conservación en el país y la orientación en la toma de decisiones. El objetivo del presente artículo es presentar una propuesta de conservación a nivel nacional que permita que el sistema nacional de áreas protegidas, a través de procesos de planificación a corto, mediano y largo plazo, proteja muestras representativas y viables de la biodiversidad del país.