Debido al avance de la deforestación, los agroecosistemas se convierten en elementos claves para la conservación de la biodiversidad. Los cacaotales, por su estructura boscosa, son una herramienta valiosa para este propósito, especialmente en zonas de amortiguamiento de áreas protegidas. El diseño y manejo de los árboles de sombra del cacao determina en gran medida el valor del cacaotal para conservar y manejar la biodiversidad. Los estudios demuestran que la diversidad de aves, mamíferos no voladores y artrópodos presentes en los cacaotales adyacentes a zonas boscosas es similar a la de los bosques naturales y mucho mayor que la de los agroecosistemas manejados intensivamente. En este artículo se hacen algunas recomendaciones para incrementar la biodiversidad en cacaotales y se proponen incentivos para el desarrollo de una producción cacaotera amigable con la biodiversidad.