El CATIE tiene uno de los programas agroforestales más antiguos del mundo. En el año 1954 se realizó la primera tesis de maestría en agroforestería enfocada al estudio del crecimiento del laurel (Cordia alliodora) en asocio con cultivos y pastizales. A la fecha se suman más de 100 tesis de maestría, incluyendo algunas de doctorado que, en conjunto con otras universidades, se han realizado en esta institución.