La diversidad de hongos endofíticos y la abundancia de nematodos (Radopholus similis (R),Helicotylenchus spp.(H),Meloidogyne spp . (M),Pratylenchus spp. y nemátodos de vida libre)en banano (BanCon)y plátano (PlCon)convencionales fue comparado con banano orgánico (banano en monocultivo (B),banano con cacao (B+C),banano con cacao y especies forestales (B+C+F)y banano con especies forestales (B+F)).Un total de 123 morfotipos de hongos endofíticos fueron aislados de los sistemas orgánicos, presentándose la mayor riqueza en B+F y la menor en el sistema B (68 y 33 morfotipos, respectivamente).En BanCon y PlCon convencionales se registró un total de 39 y 31 morfotipos, respectivamente. BanCon presentó la más alta abundancia de morfotipos (208 aislados),con dominancia de Trichoderma. B +F fue el más diverso (Índice de Shannon H=3,78); mientras que BanCon presentó la menor diversidad (H=3,04). Los sistemas agroforestales presentaron mayor diversidad que los sistemas de monocultivo. Entre los sistemas orgánicos, presentó baja similitud de morfotipos; las más altas similitud se encontró entre los sistemas B Y B+C (Índice de Dice, D=0,48). La población total de fitonemátodos en plantaciones convencionales fue significativamente mayor (p<0,001) que en plantaciones orgánica