Se comparó la biodiversidad (árboles y mamíferos) presente en sistemas agroforestales (SAF) con cacao (Theobroma cacao) y con banano (Musa spp) y en bosques naturales en fincas de productores Bribris de Baja Talamanca, Limón, Costa Rica. Los SAF tuvieron menor diversidad, menor densidad de árboles y menos especies primarias que el bosque. Sin embargo, tuvieron una estructura multi-estratificada similar al bosque. La diversidad y abundancia de mamíferos fue similar en los SAF y el bosque, lo que sugiere que los SAF pueden proveer hábitat y recursos para ellos. La biodiversidad presente en los SAF proporciona beneficios (madera, frutos, leña, carne) y problemas (principalmente daños de mamíferos a los cultivos) a los indígenas de la región. En Talamanca, la conservación de mamíferos dependerá de un control racional de la cacería, así como de un manejo ecológico de los sistemas agroforestales.