Los inventarios de contaminantes presentan un modelo general de cálculo, o estimación, asociado a la relación entre los datos de información obtenidos y los factores utilizados. Estos plantean, por sus características, niveles de incertidumbre asociados a dicho cálculo. La evaluación de las incertidumbres en inventarios es una temática abordada desde distintos aspectos dependiendo de la calidad de los datos, factores utilizados y estimaciones realizadas. El planteo de una estimación cualitativa permite, independientemente de la información utilizada, caracterizar las fortalezas y debilidades de las estimaciones realizadas. Se desarrolla una metodología básica para dicha estimación y se aplica la misma al Inventario de Contaminantes Tóxicos del Aire en el Gran Área Metropolitana de Costa Rica en el 2007, planteándose los resultados para este caso particular.