Este artículo pretende contribuir al debate sobre la autonomía universitaria que se desarrolla actualmente entre la comunidad académica, y plantea alternativas para resolver el conflicto que se configura entre el principio de la autonomía universitaria y los nuevos escenarios estructurales que establecen la globalización, la sociedad del conocimiento y las política públicas de los últimos años, y que demanda y establece dinámicas de cambio y transformación a las universidades públicas.