O vírus da Cinomose Canina é uma doença multisistêmica cosmopolita com altos índices de mortalidade que afeta cães domésticos e diversos animais selvagens. Desde a década de 1960 tem sido controlado através de campanhas de vacinação porém, atualmente tem ocorrido o surgimento de diversos casos, em todo o mundo, de cães vacinados que desenvolveram a doença. O diagnóstico da Cinomose Canina é difícil e tem sido feito habitualmente através dos sinais clínicos da doença. No Brasil, bem como no Rio Grande do Sul somos carentes de dados sobre a epidemiologia e distribuição da Cinomose Canina. O objetivo deste estudo foi o desenvolvimento de uma técnica de RT-PCR para o diagnóstico do vírus da Cinomose Canina e a caracterização de amostras selvagens. Foram realizados testes de sensibilidade, especificidade e reprodutibilidade para padronizar a técnica de RT-PCR. Foram analisadas 4 amostras suspeitas, 3 amostras vacinais e 3 amostras selvagens. As amostras suspeitas submetidas à técnica de RT-PCR não amplificaram, entretanto as 3 amostras selvagens e vacinais tiveram sua identidade confirmada sendo posteriormente caracterizadas. A enzima PvuII e EcoRV revelaram-se importantes na diferenciação das amostras selvagens e vacinais. Este estudo forneceu informações que devem ser melhor estudadas para se alcançar uma ferramenta abrangente no diagnóstico e caracterização do Vírus da Cinomose Canina em nossa região.