This article studies the substantive principles of university autonomy and the changes in the concept from the Manifiesto Liminar to the contemporary understanding of autonomy, which is based on two types: procedural autonomy and substantive autonomy. It also discusses the role of authorities, professors and students, and the pressures of the State and society and their demand for accountability and transparency in the management of resources allocated to higher education.El artículo discute los principios sustantivos de la autonomía universitaria y el cambio en el concepto desde el Manifiesto Liminar hasta la forma contemporánea de entender la autonomía, la cual está basada en dos tipos: autonomía de procedimientos y autonomía sustantiva. Asimismo, se refiere al papel de las autoridades, los docentes y los estudiantes, así como a las presiones del Estado y la sociedad para demandar rendición de cuentas y transparencia en el manejo de los recursos asignados a la educación superior.