Introduction: The migration of people from rural environments to cities has accelerated urbanization. This has modified the landscape as well as the ecological processes and communities in these areas. The Costa Rican endemic Cabanis´s Ground-Sparrow (Melozone cabanisi) is a species of limited distribution restricted to the Gran Area Metropolitana, which is the biggest urban settlement of the country. This area has experimented and still experiment an ongoing fragmentation and loss of habitat of the areas used by this species (i.e., coffee plantations, shrubs, and thickets). Objective: Determine the effects of urbanization on habitat abundance and spatial pattern for the occurrence of the Cabanis´s Ground-Sparrow. Methods: We modeled the area of potentially suitable habitat for the Cabanis´s Ground-Sparrow in Costa Rica using occurrence and bioclimatic data. Then, we estimated the actual suitable habitat using the potentially suitable habitat and land cover type layers. Finally, we analyzed the connectivity among the actual suitable habitat patches using single-patch and multi-patch approaches. Results: From the area of potentially suitable habitat estimated by the bioclimatic model, 74  % were urban areas that are unsuitable for Cabanis´s Ground-Sparrow. The largest suitable patches within urban areas were coffee plantations; which also were crucial for maintaining connectivity between habitat patches along the species’ range. Conclusions: To preserve and protect the endemic Cabanis´s Ground-Sparrow these areas must be taken into consideration by decision-makers in the present and future management plans. We recommend avoiding change shrubs and thickets to urban cover to preserve the occurrence of the endemic Cabanis´s Ground-Sparrow, and implement a program for the payment of environmental services to landholders, supported by the local governments, to protect those habitats in urban contexts.  Finally, this is a tool that will help to detect which habitats within heavily urbanized areas are the most important to ensure different species conservation.. Introducción: La migración desde ambientes rurales hacia las ciudades ha acelerado la urbanización. Esto ha modificado el paisaje, así como los procesos ecológicos y comunidades dentro de estas áreas. El Pinzón Cafetalero (Melozone cabanisi) es una especie de distribución limitada restringida al Gran Área Metropolitana, que es el asentamiento urbano más grande del país. Esta área ha experimentado, y continúa, fragmentación y pérdida del hábitat utilizada por esta especie (e.g. plantaciones de café, charrales y tacotales). Objetivo: Determinar los efectos de la urbanización sobre la cantidad de hábitat y su patrón espacial para la ocurrencia de M. cabanisi. Métodos: Modelamos el área del hábitat potencialmente adecuad para M. cabanisi utilizando datos bioclimáticos y de ocurrencia. Luego estimamos el hábitat verdaderamente adecuado utilizando el hábitat potencialmente adecuado y las capas de cobertura del suelo. Finalmente analizamos la conectividad entre los parches de hábitat verdaderamente adecuados utilizando un enfoque multi y mono-parche. Resultados: Del área del hábitat potencialmente adecuado estimada por el modelo bioclimático,  74  % fueron áreas urbanas, una cobertura inadecuada para M. cabanisi. Los parches más grandes de hábitat adecuado dentro de áreas urbanas fueron plantaciones de café que a su vez fueron cruciales para mantener la conectividad entre los parches a lo largo del rango de distribución de la especie. Conclusiones: Para conservar y proteger a M. cabanisi, los tomadores de decisiones deben tener en cuenta estas áreas en los planes de gestión presentes y futuros. Recomendamos evitar cambiar charrales y tacotales a tipos de cobertura urbana para preservar la ocurrencia de M. cabanisi e implementar un programa para el pago de servicios ambientales a los propietarios de tierras, con el apoyo de los gobiernos locales y proteger esos hábitats en contextos urbanos. Finalmente, esta es una herramienta que ayudará a detectar qué hábitats dentro de áreas altamente urbanizadas son los más importantes para garantizar la conservación de diferentes especies.