Within the animal kingdom, nuclear receptors modulate transcription to regulate diverse processes including embryonic development, energetic homeostasis and sexual differentiation. To date, nuclear receptor sequences have been reported in only a few cnidarian species, and little is known about nuclear receptor function in cnidarians. We have identified three nuclear receptor genes expressed in Pocillopora damicornis coral colonies (PdNR1, PdNR6, and PdNR7). The cDNA and deduced amino acid sequences indicate that these three genes are closely related to nuclear receptors previously reported in Acropora millepora planula larvae (AmNR1, AmNR6, and AmNR7). None of the three P. damicornis nuclear receptors are apparent homologs of known ligand-activated receptors. Two are most closely related to vertebrate genes important in neural differentiation and signaling (subfamily 2E, tailless genes and subfamily 2F, COUP-TFs). The third cannot be unambiguously classified within a currently recognized subfamily. Future studies are needed to describe the roles of nuclear receptors in cnidarian development and physiology. Rev. Biol. Trop. 56 (Suppl. 4): 39-48. Epub 2009 June 30.En el reino animal, los receptores nucleares modulan la transcripción para regular diversos procesos incluyendo el desarrollo embrionario, la homeostasis energética y la diferenciación sexual. Hasta la fecha, las secuencias de los receptores nucleares, se han registrado en sólo unas pocas especies cnidarian y poco se sabe acerca de los receptores nucleares en función de cnidarios. Hemos identificado tres genes de los receptores nucleares en colonias de coral de Pocillopora damicornis (PdNR1, PdNR6, y PdNR7). El cDNA y deducir las secuencias de aminoácidos indican que estos tres genes están estrechamente relacionados con los receptores nucleares se ha informado anteriormente en larvas plánula de Acropora millepora (AmNR1, AmNR6, y AmNR7). Ninguno de los tres receptores nucleares de P. damicornis son aparentes homólogos de receptores ligando- activados conocidos. Dos son los más estrechamente relacionados con los genes de vertebrados importantes en la diferenciación neuronal y la señalización (subfamilia 2E, los genes “sin cola” y subfamilia 2F, COUP-TFs). La tercera no puede ser inequívocamente clasificada sin una subfamilia reconocida en la actualidad. Son necesarios estudios futuros para describir las funciones de los receptores nucleares cnidarian en el desarrollo y la fisiología.