Foram realizadas coletas em três áreas de Mata Atlântica bem preservada no sul do Brasil para a avaliação do efeito da sazonalidade e da variação espacial, assim como da influência do desflorestamento e do efeito de borda sobre as populações e assembléias de drosofilídeos. A maioria das espécies analisadas apresentou flutuações bem definidas e cíclicas ao longo do tempo (o que refletiu na riqueza, dominância e diversidade de espécies e no número total de indivíduos capturados) mas apenas poucas apresentaram abundâncias significativamente distintas entre pontos de mata fitogeograficamente similares. Entretanto, quando consideradas áreas desflorestadas ou sob influência destas, a maioria das espécies exibiu uma seleção de hábitat. Esta seletividade foi refletida na composição de espécies das assembléias, que exibiu diferenças importantes entre a área desflorestada, o limite de fragmento florestal, a borda florestal e o interior da mata, e também no número total de indivíduos capturados e na riqueza de espécies. Contudo, parâmetros influenciados diretamente pela distribuição das abundâncias das espécies (diversidade e dominância) não diferiram entre tais ambientes. Estes resultados sugerem que tanto a heterogeneidade temporal quanto a espacial são importantes promotoras e mantenedoras da diversidade e oferecem subsídios para o planejamento de políticas de preservação, como a implantação de unidades de conservação e de corredores ecológicos. Além disso, neste estudo foram observadas 145 espécies (125 do gênero Drosophila, 13 de Zygothrica, duas de Diathoneura e uma de Amiota, Cladochaeta, Neotanygastrella, Scaptodrosophila e Zaprionus, sendo 60 delas ainda não descritas), o que representa uma das maiores riquezas já observadas em estudos com drosofilídeos no Brasil. Dentre as espécies descritas, 24 não haviam sido registradas em Santa Catarina sendo que 19 destas ainda não haviam sido registradas no sul do Brasil e duas na América do Sul. Este estudo estende para105 o número de espécies de drosofilídeos registrado em Santa Catarina.