O presente trabalho objetivou avaliar os sistemas de gerenciamento de resíduos de serviços de saúde frente aos instrumentos legais e normativos vigentes no Brasil, acerca dos quais existem poucos estudos. O estudo envolveu coleta de dados reais, por um período contínuo de dois anos, analisando a eficiência da segregação, os sistemas de tratamento, e os custos decorrentes, em duas instituições de assistência à saúde em nível terciário (Hospital Escola do Sistema Único de Saúde - SUS e Hospital Conveniado). O sistema de gerenciamento de resíduos iniciou com um diagnóstico da situação das unidades hospitalares, definição das estratégias educativas de sensibilização, treinamento e capacitação do quadro funcional, com ênfase na segregação de resíduos. A avaliação dos custos, decorrentes da utilização de tecnologias de tratamento via esterilização por vapor úmido (hospital do SUS), e por oxidação térmica (hospital Conveniado), bem como dos custos estendeu-se ainda à disposição final dos resíduos. Foram analisados os índices e percentuais de geração das diferentes categorias de resíduos (infectantes, especiais, comuns e recicláveis) nos dois estabelecimentos. Estudo piloto prévio à implantação do sistema de gerenciamento, revelou um índice de geração total de resíduos de 3,5 kg/leito/dia no Hospital Conveniado, e de 2,6 kg/leito/dia no Hospital SUS. Os índices de geração de infectantes nos referidos hospitais foram de 1,3 (Conveniado) e 1,1 kg/leito/dia (SUS). Os dados do monitoramento contínuo (24 meses), demonstraram, em nível de significância de 5%, uma redução nos índices de geração de resíduos infectantes de cerca de 35% no Hospital Conveniado e de 38% no Hospital SUS, e um aumento significativo nos índices de geração de resíduos comuns e recicláveis, após a implantação dos sistemas de gerenciamento e dos programas educativos, indicando falhas na segregação anteriormente a estes. Os resultados confirmaram a influência positiva dos programas educativos e do sistema organizacional, e a possibilidade de serem alcançadas índices e percentuais ainda mais baixos que os preconizados pela literatura. Os resultados apresentaram, também, altas taxas de reencape de agulhas (41% das conectadas e 51% das desconectadas no Hospital SUS; 68% das conectadas e 55% das desconectadas no hospital Conveniado), dando indicativos do potencial de risco com saúde ocupacional a que estão expostos os profissionais, e da necessidade de reforçar os conceitos de auto cuidado com os mesmos. No tocante aos custos com os sistemas de gerenciamento, o Hospital Conveniado tem um custo final menor que o Hospital SUS. Porém, quando traduzido para paciente/dia, o Hospital SUS tem um custo de R$ 3,54 enquanto que no Hospital Conveniado o custo é de R$ 5,13, ou seja, 45,1% maior que no Hospital SUS, apesar da oferta de serviços ser semelhante. Para o tratamento de resíduos infectantes junto à fonte geradora com tecnologia de esterilização via vapor úmido e microondas, somados à despesa com serviços terceirizados para situações de contingência, tratamento de peças anatômicas e pérfuro-cortantes, o Hospital SUS tem um custo de R$ 0,57 paciente/dia enquanto o tratamento via incineração do Hospital Conveniado tem um custo de R$ 0,86 paciente/dia. Estes resultados evidenciam que o tratamento junto à fonte geradora, consideradas as situações avaliadas é mais vantajoso do ponto de vista econômico e ambiental. Os custos ambientais totais obtidos para o hospital SUS são de R$ 3,54 paciente/dia para R$ 5,13 por paciente/dia no hospital Conveniado. O trabalho fornece subsídios metodológicos para definição de índices e percentuais de geração, bem como para o cálculo dos custos envolvidos no gerenciamento que podem servir de base para aplicação em outros estabelecimentos de assistência à saúde.