El uso prolongado de insecticidas ha conducido al desarrollo de resistencia en diferentes especies de mosquitos y al incremento de la degradación del ambiente. El control biológico de insectos ha devenido como una alternativa útil y de bajo impacto ambiental. En nuestro estudio fueron identificados, caracterizados tres aislamientos de suelos procedentes de diferentes regiones del archipiélago cubano y comparados con cepas de referencia: aisladas de los biolarvicidas Bactivec y Bactoculicida, además de IPS82. La diferenciación de los mismos se llevó a cabo mediante métodos morfológicos, bioquímicos y moleculares (SDSPAGE, perfil plasmídico, RAPD). Los aislamientos fueron identificados como Bacillus thuringiensis; A21, A51 y C17 mostraron una mayor actividad contra larvas de Aedes aegypti and Culex quinquefasciatus que la cepa aislada del biolarvicida Bactivec, utilizada como referencia en este estudio. Dos de los aislamientos poseían perfiles proteicos y plasmídicos similares al de la cepa control IPS82, pero el restante difería de ellos. Los tres mostraron patrones de RAPD diferentes lo que nos permitió su diferenciación. Estos patrones de RAPD también diferían del observado para las cepas utilizadas comúnmente en el control biológico en nuestro país.