El siguiente trabajo presenta una revisión de los métodos de simulación molecular más utilizados por científicos, ingenieros e informáticos; de esta manera, se hace una breve descripción del fundamento matemático de cada método. Además, se profundiza en los métodos utilizados para la simulación molecular de la estructura del ADN, los detalles necesarios para su simulación y una reseña de algunas de las herramientas (software) disponibles más actualizadas para la simulación de esta macromolécula y el análisis de resultados.