Durante los primeros doce meses de gestión, el CISAN organizó su agenda de trabajo en tomo a líneas de investigación preexistentes basadas en un enfoque disciplinario, así como alrededor de otras creadas con el fin de dar cabida a temas imprescindibles del estudio de la región -por ejemplo, la ciencia y la tecnología, la seguridad nacional, la comunidad norteamericana, el factor humano de la integración, la relación crítica entre conflicto y globalidad, entre otros- y para dar respuesta a la coyuntura. Para ello, se constituyeron tres nuevas áreas comprehensivas, que integran la totalidad de los proyectos de investigación individuales y colectivos, las cuales son las siguientes: Área de Estudios de la Globalidad, Área de Estudios de la Integración y Área de Estudios Estratégicos.