O trabalho se propõe a analisar a interação universidade-empresa em projetos de dois Centros de Biotecnologia localizados no Estado do Rio Grande do Sul, quais sejam: Centros de Biotecnologia do Estado do Rio Grande do Sul e Centro de Biotecnologia da Universidade Federal de Pelotas. Para esta análise, foram identificados modelos de interação universidadeempresa através do estudo de múltiplos casos. A partir da revisão de literatura, foi estabelecida uma tipologia de interação universidade-empresa, composta por 3 modelos: Modelo Clássico, Modelo de Mercado e Modelo de Parceria. Em seguida, foram classificados os projetos de interação universidade-empresa de cada centro. Os modelos utilizados nesta pesquisa serviram de instrumentos que definiram os critérios para análise do processo de interação. Nos projetos do Centro de Biotecnologia do Estado do Rio Grande do Sul houve a predominância do modelo de mercado, ou seja, buscam atender a uma necessidade do mercado. Nos projetos do Centro de Biotecnologia da Universidade Federal de Pelotas houve a predominância do modelo clássico, ou seja, o pesquisador desenvolve o conhecimento e o coloca à disposição das empresas. É fundamental que os pesquisadores se conscientizem do novo papel que os centros devem assumir perante a sociedade, de agente gerador de desenvolvimento. Para tanto, foram propostas ações para estimular e ampliar o processo de interação universidade-empresa em ambos os centros.