Los conflictos socio ambientales aumentan constantemente, en México y diversas partes de la región. Las causas de éstos, se pueden relacionar con la construcción de mega proyectos como minerías, trasvases, embalses, hidroeléctricas, acueductos, etc. Los conflictos socio ambientales involucran a una gran variedad de actores, derechos humanos, bienes y recursos públicos. No resulta sencillo abordar este tipo de problemáticas, en razón de las características que los conforman que, los hacen únicos y nos plantean todo un cambio de paradigma. La presente investigación, además de ofrecer un panorama general del proyecto El Zapotillo y la situación del agua en el Estado de Jalisco, buscó llevar a cabo un aprendizaje profundo respecto de los alcances y límites del proceso de –mediación- realizado por la Fundación Desarrollo Sustentable, A.C., en la comunidad de Acasico, por motivo de la construcción de la referida presa. El aprendizaje de dicha experiencia, proporcionó elementos suficientes para elaborar una propuesta de un Protocolo de Mediación Ambiental, con el fin de atender situaciones complejas, como la que se dio en esta localidad de los Altos de Jalisco y que, sigue pendiente de concluir, como uno de los grandes pendientes incómodos del Estado Mexicano.