La concentración de grandes cantidades de ganado en regiones de México genera alta producción de estiércol, origen de problemas ambientales, como la contaminación difusa en los cuerpos de agua superficial cuando se aplica estiércol al maíz o en el pasto donde se pastorea el ganado lechero, expresados por contaminación microbiológica y eutrofización. El objetivo de este trabajo fue estudiar el proceso de escurrimiento superficial y la lluvia, asociado con los organismos fecales durante el ciclo de lluvias de 2009. La investigación se realizó en terrenos del Campo Experimental Centro Altos de Jalisco del INIFAP. Se utilizaron tres lotes de escurrimiento (LE) de 50 m2: dos con maíz, a uno se aplicó estiércol de bovino (MEB) y a otro de gallina (MEG); a otro LE con pasto se aplicó estiércol de bovino (PEB) de leche para simular pastoreo. Se midió el escurrimiento y se tomaron muestras de agua para evaluar el contenido de organismos fecales arrastrados. Se registró la lluvia en cada tormenta que originó escurrimiento, así como la temperatura. Los resultados mostraron que en todos los eventos con escurrimiento hubo presencia de coliformes, pero el MEB mostró los valores más elevados y en casi todos los eventos de lluvia se identificó E. coli y sólo en algunas tormentas Pseudomonas sp. En el MEG se tuvo menor cantidad de coliformes con presencia de E. coli en casi todas las tormentas y Pseudomonas sp. sólo en algunas tormentas. El PEB mostró la menor cantidad de organismos fecales. En el MEB y MEG, la tendencia de la relación lluvia y escurrimiento con la cantidad de organismos fecales fue exponencial negativa, mientras que en el PEB fue exponencial positiva, características que puede utilizarse para el control de contaminación difusa en los cuerpos de agua, aguas abajo.