Las interacciones entre las plantas y sus mutualistas y antagonistas, pueden verse afectadas por el proceso de domesticación y las prácticas de cultivo. Las condiciones naturales en donde las plantas silvestres se relacionan con muchas otras especies, cambian significativamente en los cultivos, donde las plantas son cuidadas por el humano en un ambiente nuevo, con riego controlado y uso de insecticidas, herbicidas y fertilizantes. Estos cambios abióticos pueden provocar que se modifiquen las interacciones que las plantas tienen con otras especies, como mutualistas o antagonistas. Además, entre los principales cambios que ocurren en las plantas por el proceso de domesticación, están la pérdida de defensas contra sus enemigos naturales, por lo que en general las plantas domesticadas tienden a ser más vulnerables ante antagonistas. Por otro lado, la domesticación también puede modificar ciertas estructuras reproductivas de las plantas, como las flores y los frutos, lo que también puede cambiar la diversidad de polinizadores y frugívoros que visitan a las plantas domesticadas.