Desde 1942 comienza la colección de plantas en el Jardín Botánico del Zamorano. Este jardín tiene 130 hectáreas y cuenta con aproximadamente 400 especies distribuidas en un orquideario y siete arboretos. El Dr. Popenoe introduce muchos frutales y especies de importancia económica, y la colección se enriquece con la colaboración de botánicos nacionales e internacionales. Este jardín ha sido el refugio de muchas especies nativas e introducidas, así como un laboratorio de campo para los estudiantes a través del Programa Aprender Haciendo.