El objetivo de la presente revisión es informar los avances que se han logrado sobre el desarrollo de mapas de genomas de hongos fitopatógenos, sus principales ventajas y aplicaciones. Para un mejor entendimiento y manejo de los patógenos se han desarrollado mapas genéticos en algunos hongos fitopatógenos; además, mediante el apoyo de los marcadores de DNA se han podido identificar y desarrollar mapas de algunos genes de interés [avirulencia/ patogenicidad, el locus MAT (grupo de apareamiento), algunos que están involucrados en la producción de toxinas, y en la producción de pigmentos, ínter estériles, principalmente]. Por otra parte, uno de los usos principales de los mapas físicos es localizar e identificar la región en el cromosoma de algún gene en particular. Algunos genes son usados como sondas para hibridar con algún cromosoma, como: DNAr (DNA ribosomal), âtub (â-tubulina), sodl (superóxido dismutasa), niaD (nitrato reductasa), Skn-7 (histidina kinasa 7), y ops (opsina), por mencionar algunos de ellos. Con el fin de lograr entender la estructura, función y evolución del genoma de hongos fitopatógenos, algunos grupos de investigación mantienen prioridades como obtener mapas genéticos de alta densidad, desarrollar mapas físicos, obtener la secuencia completa del genoma y localizar genes en base a secuencias (STE's o secuencias de genomas) ya conocidas por similaridad de secuencias.