La forma, tamaño y color de pulpa del fruto son aspectos que determinan su aceptación por el consumidor y prioritarios en el mejoramiento genético de papaya. El objetivo fue validar el uso de marcadores moleculares para seleccionar genotipos en términos del tipo sexual, color y tamaño del fruto. Genotipos (F1 y F2) derivados de la cruza intraespecífica L7xM22 fueron caracterizados molecularmente en etapa juvenil. Hasta los 6 a 9 meses se comparó con la clasificación basada en caracteres morfológicos. Se utilizó el marcador CPM1815Y52 (tipo sexual), el marcador CPFC1 (color de pulpa), así como ocho QTLs asociados al tamaño del fruto. El marcador CPM1815YC2 identificó plantas hermafroditas y femeninas en una proporción 2:1, en 100% de los genotipos F1 y F2 evaluados. Con el marcador CPFC1 se identificó que en la población F1, el 53.57% presentó pulpa amarilla naranja y 46.43% pulpa naranja-rojizo. En la F2, el alelo homocigoto recesivo de color naranja-rojizo se introgresó en 98.1%, 92.6% y 100% respecto a H90B, H70B y H77B. La predicción molecular del tipo floral y el color de pulpa, al comprobarse fenotípicamente en etapa de plántulas con 3 y 7 meses de anticipación a la presencia de flores y frutos es de gran utilidad en programas de mejoramiento asistido por marcadores, Ningún QTL estudiado, fue capaz de predecir el tamaño, ni la forma de fruto; investigaciones posteriores serán necesarias para desarrollar QTLs (u otros marcadores moleculares) mejor relacionados al tamaño y forma de frutos de papaya de híbridos entre Maradol x material criollo.