La variabilidad genética del maguey Agave angustifolia Haw. se analizó mediante polimorfismos en la longitud de los fragmentos amplificados (AFLP). Se incluyeron de 28 a 30 plantas en cada una de tres poblaciones de maguey, originarias de tres municipios de Sonora, México donde por tradición se emplea esta especie para la producción de la bebida alcohólica denominada “bacanora”. Los índices de similitud inter e intrapoblacionales oscilaron de 0.749 a 0.786 y de 0.800 a 0.827, respectivamente. La variabilidad promedio intrapoblacional fue 0.26 y la mayor distancia genética se encontró en una misma población (0.106 y 0.093). No se observó traslape interpoblacional de individuos, lo que se reflejó en el valor de estructuración de 0.165 con 65.16 % de loci polimórficos y heterocigosis total de 0.313 ± 0.038. La variabilidad observada sugiere adaptación ante los factores bióticos y abióticos presentes en la Sierra Sonorense.