"Swietenia macrophylla King, es una especie tropical que históricamente ha sido explotada por su alta calidad maderable y actualmente está catalogada como amenazada de extinción. En este estudio se usaron cuatro microsatélites nucleares polimórficos para estimar los niveles de variación y estructura genética de seis poblaciones fragmentadas de S. macrophylla, distribuidas en la Península de Yucatán y sur de Veracruz, México. Se encontró un promedio de variación genética moderado (HE = 0.600) y un nivel de endogamia alto y significativo (FIS = 0.309). El tamaño efectivo (NE) fue heterogéneo entre las poblaciones con un promedio de 19.4. La estructura genética fue baja pero significativa (FST = 0.095), y la tasa de migración alta (M > 3.83). El dendrograma y el análisis de inferencia Bayesiana de la estructuración genética y espacial definieron tres grupos altamente diferenciados, pero no siguen un patrón de aislamiento por distancia (P = 0.486). Los resultados aportan evidencias de que S. macrophylla es susceptible a la pérdida de variación genética por el efecto de la fragmentación del hábitat y apoyan la hipótesis de expansión reciente de las poblaciones por el efecto fundador de algunos genotipos. Finalmente, se sugieren dos probables rutas de dispersión de las poblaciones; la primera a través de la zona del Caribe y la segunda por la vertiente del Golfo de México.