Esta invención se refiere a un reactor anaerobio híbrido que consta de dos secciones, lecho fijo y lecho fluidizado inverso, para realizar el proceso de eliminación de la materia orgánica presente en diversos tipos de efluentes industriales y de agroindustrias. El objeto de esta invención es contar con un sistema móvil y su proceso asociado para el tratamiento de aguas residuales que permita lograr altas eficiencias de materia orgánica de rastros, mataderos y casas de matanza, pudiendo especializarse esta sección en la eliminación de compuestos inhibidores de la metanogénesis, llevando el ahorro de espacio, energía y tiempo de tratamiento de los diversos efluentes industriales que se pueden tratar en este reactor y obteniendo un biogás rico en metano como producto final.