El microbioma naso-faríngeo es la primera línea de interacción con patógenos externos a los que se enfrenta el cuerpo humano. En la lucha contra el SARS-COV-2 se han desarrollado trabajos para analizar la composición de este microbioma y cuánto puede ayudar a la lucha contra el virus del COVID-19. En este trabajo se presenta un modelo Lotka-Volterra multiespecie para describir la dinámica temporal y las interacciones de las familias taxonómicas presentes en el microbioma. Se utilizan dos métodos de regularización a la hora de estimar los parámetros del modelo, Elastic Net y Ridge, y se combinan con dos métodos de solución numéricos de sistemas de ecuaciones diferenciales ordinarias, Runge-Kutta y Olek Modificado, para encontrar la solución en el tiempo del modelo. Para esto se utilizaron datos de abundancia relativa de las familias taxonómicas presentes en el microbioma, donde se analizaron tres grupos, 5 individuos sanos, 5 infectados con el virus de la Influenza subtipo H1N1 y 5 individuos infectados con el virus SARS-COV-2. Se concluye que el modelo presentado en su forma de sistema de dinámica compleja, logra captar las principales características principales del problema biológico, lo que permite llegar a conclusiones sobre la influencia de familias como Veillonella o Streptococcus sobre el virus de la Influenza o el COVID-19.