Hay muchos reportes de investigaciones que han comprobado que existe una relación de sinergismo entre plantas y microorganismos. Estos organismos asociados al rizoplano son comúnmente identificados como (PGPR), del inglés Plant Growth-Promoting Rhizobacteria y se encuentran presentes en la rizósfera; en las áreas internas de la raíz y el cuerpo de la planta. Para evaluar los patrones de colonización por PGPR en las raíces, se han realizado diferentes estudios que han involucrado transformaciones genéticas con gen GFP (Green Fluorescent Protein) o sondas mediante la técnica de FISH y CARD-FISH (Fluorescent In situ Hybridization), la desventaja de estas técnicas en algunos casos es la baja intensidad de fluorescencia, así como la inversión de tiempo en la transformación. Otra técnica para evaluar colonización bacteriana se basa en el análisis en tiempo real (qPCR), sin embargo, ésta no es capaz de determinar los patrones espaciales de colonización, solo la presencia y/o abundancia. El presente estudio se enfocó en evaluar una molécula fluorescente que permitiera la detección de bacterias mediante fluorescencia por tinción, el cual, es un método novedoso que representa una estrategia factible y de diagnóstico rápido, lo que constituye a su vez una herramienta valiosa para la detección precisa de patrones de colonización en la rizósfera. A este respecto, se sintetizó una serie de sales de sodio de pírenos partiendo de la molécula 8hidroxipireno1-3-6-trisulfonato de sodio, portadores de cadenas alifáticas con terminaciones alquílicas, con ácido carboxílico, ácido málico, etinileno como marcadores fluorescentes para estudiar e identificar los patrones de colonización de la bacteria Bacillus subtilis LPM1 en raíces de plantas de 3 variedades de tomate (Floradade, MicroTom y Silvestre), tanto a nivel in planta en una variedad (Micro-Tom), como a nivel in vitro mediante técnicas espectroscópicas y microscópicas de fluorescencia como UV-Vis, fluorescencia y microscopia de barrido láser confocal. Adicionalmente se logró comprobar la promoción de crecimiento por parte de la cepa Bacillus subtilis LPM1 en los parámetros biométricos evaluados en las variedades Micro-Tom y Silvestre.