La agricultura orgánica o ecológica plantea nuevos desafios para las instituciones de investigación y educación superior en México y el mundo, ya que es muy importante recurrir a nuevas tecnologías como los biofertilizantes y las bacterias promotoras del crecimiento de las plantas. Debido a las posibilidades reales que estos tienen de contribuir al desarrollo de una agricultura sustentable, a mantener la calidad del ambiente y los ecosistemas, la generación de ingresos y la inocuidad alimentaria. Una elección respaldada científicamente sobre la agricultura orgánica, dentro de una gama de opciones agrícolas sustentables, pondría a los gobiernos en condiciones de orientar su investigación y sus actividades de extensión para aprovechar de manera integrada con otras alternativas sustentables de agricultura, las oportunidades comerciales disponibles en el ámbito nacional e internacional. En relación a lo recomendado por los países miembros de la FAO, el Programa Sobre Agricultura Orgánica o Ecológica (Ruedael al.,2007), incluye las siguientes áreas de acción: 1.- Sistemas y redes para proveer información sobre aspectos de producción, conservación, procesamiento, etiquetado y mercadeo de productos orgánicos; información técnica sobre requerimientos de producción, e información comercial sobre oportunidades de mercado. 2.-Herramientas de apoyo a políticas gubernamentales. 3.-Nuevas opciones en la implementación de agro-insumos respaldados científicamente para su aplicación en los sistemas sustentables u orgánicos productivos y eficientes. 4.-Asistencia técnica a los países para estudios y apoyo a los gobiernos sobre la producción, certificación y comercialización de productos orgánicos certificados; obtener acceso a mercados internacionales; capacitación en el proceso de producción ecológica u orgánica; asistencia técnica para desarrollar una legislación nacional apropiada, desarrollar capacidad de certificación, de investigación, y extensión y promover el intercambio de experiencias entre investigadores de diversos países.Lo anterior debido a que a nivel mundial la agricultura orgánica es uno de los varios enfoques de la agricultura sustentable y una de las alternativas de producción de alimentos que se enfoca a la inocuidad del ambiente. Asimismo, compartiendo otras direcciones de la agricultura sustentable como son: promover agroecosistemas sociales y ecológicamente sustentables, lo que significa diversificar y estabilizar los ingresos rurales; aumentar la biodiversidad y la sustentabilidad del entorno agrícola (Lira-Saldivar et al., 2007). La utilización excesiva de los fertilizantes sintéticos resulta en mayores costos de producción y en la contaminación de suelos y aguas; también ha ocasionado un proceso de deterioro de los escasos recursos y una creciente dificultad para renovarlos. En las dos últimas décadas, una de las áreas de estudio que actualmente están impactando en la agricultura, es la aplicación de biofertilizantes a través del empleo de microorganismos como bacterias y hongos que viven en simbiosis con las plantas, lo cual ha resultado muy positivo para fertilizar de manera orgánica diversos cultivos. Algunos microorganismos con efecto benéfico en las plantas pueden tener un gran potencial como agentes biocontroladores y biofertilizantes (Rueda et al., 2007); dentro de este grupo de microorganismos se distinguen tres grandes grupos: - Hongos micorrízicos. - Microorganismos fijadores de nitrógeno. - Rizobacterias promotoras del crecimiento de plantas (RPCP). En la plasticultura el uso de técnicas modernas como solarización y biofumigación en suelos acolchados con plásticos transparentes de bajo espesor y con la adición de microorganismos antagonistas y promotores del crecimiento vegetal están teniendo un fuerte impulso en todo el mundo como medios viables en sistemas de producción sustentables para el control biológico de enfermedades; por lo tanto, la integración de la solarización más el uso de microorganismos antagonistas ha generado resultados favorables en la sanidad y calidad de los productos agrícolas cosechados.