El Área de Protección de Flora y Fauna (APFyF) Cuatro Ciénegas, Coahuila, posee un ecosistema desértico con abundantes cuerpos de agua, especies endémicas y humedales Ramsar . Dentro del área se han desarrollado actividades económicas relacionadas al aprovechamiento del agua, como la agricultura y el turismo, las cuales han impactado negativamente al ecosistema debido a su falta de regulación. Al respecto diversas instituciones, entre las que se encuentran la Conanp y Conagua, han implementado acciones de gestión para contrarrestar dichos impactos, sin embargo tales acciones también han generado impactos socioambientales negativos. En este sentido el objetivo del presente estudio, es analizar la manera en que los factores institucionales influyen en el proceso de gestión del agua, así como los impactos socioambientales derivados de ésta. La metodología empleada consistió en la aplicación de entrevistas semiestructuradas a los actores clave de la gestión; la información obtenida sobre la gestión del agua y de los impactos socioambientales, se analizó mediante una adaptación a la metodología de teoría fundamentada, complementada con la técnica de contrastación documental. Finalmente, se generaron propuestas que pueden ser consideradas en un futuro esquema de gestión integral hídrica, las que contribuyan al aprovechamiento sustentable del agua y a la conservación del ecosistema.