La Ciénaga de Chapala forma parte de la cuenca del río Lerma, cuyos 35 000 km2 constituyen uno de los principales potenciales agrohidráulicos de la República Mexicana. Millones de años dotaron a toda esta región de profundos suelos aluviales fácilmente irrigables con los escurrimientos de las lluvias y con los depósitos superficiales y subterráneos que también el tiempo se encargó de colmar.