Se evaluó la variabilidad genética en seis loci microsatelitales de dos generaciones consecutivas de un nuevo linaje de Crassostrea gigas que se pretende establecer en los cultivos del Golfo de California. Se detectaron un total de 66 alelos y 146 genotipos en la muestra del conjunto parental y 68 alelos y 168 genotipos en la muestra de la generación F1. El promedio de la heterocigosis observada fue de 0,65 para la generación parental y de 0,67 para la F1, sin diferencias significativas entre ellas. Todos los loci mostraron una deficiencia de heterocigotos con excepción de ucdCg10 en la F1, pero no se encontró evidencia de una endogamia acumulada. Se encontraron diferencias en la distribuciones de las frecuencias alélicas y genotípicas de cinco loci. El monitoreo de la variabilidad genética de organismos provenientes de laboratorios de producción no es un análisis de rutina en el proceso del control de calidad en la mayoría de los laboratorios. El análisis de microsatélites es una buena herramienta para vigilar las fluctuaciones de la heterocigosis a lo largo de la vida productiva de los linajes de cultivo.