Los manglares son ecosistemas que poseen una gran importancia tanto ecológica como económica. Debido a perturbaciones como el incremento de la población, de actividades antropogénicas a escasa distancia de los bosques de manglar, la contaminación, y el cambio climático, se ha reducido la cobertura de manglar a lo largo del mundo. Dada la importancia de este ecosistema, las amenazas a las que está sujeto y la existencia de pocos estudios genéticos en nuestro país dirigidos a la especie Rhizophora mangle, realizamos este estudio en poblaciones establecidas en cuatro grandes zonas (Bahía de Chetumal, Río Hondo, Costa del Caribe Mexicano y Laguna de Bacalar) distribuidas en el sistema hidrológico denominado Corredor Transversal Costero ubicado en el sur del estado de Quintana Roo, utilizando los Inter Secuencias Simples Repetidas (ISSR) como marcador molecular. Los resultados mostraron una clara estructura genética en la comunidad de R. mangle y la separación de los individuos que la integran en dos grupos principales: el grupo la Bahía de Chetumal y el grupo de la Costa del Caribe Mexicano, esto como reflejo de procesos históricos como el aumento en el nivel del mar. También se identificó una estructura genética a escala fina (EGEF) lo que podría estar relacionado con factores intrínsecos (e. g., dificultades en la dispersión de propágulos) y factores extrínsecos (e.g., fragmentación del hábitat). Por otro lado, la diversidad genética a nivel local y a nivel especie fue elevada lo que podría estar reflejado en la alta capacidad de adaptación de la especie a ambientes poco favorables. Finalmente, se analizaron las tipologías chaparra y de franja, llegando a la conclusión de que se trata de la misma especie y que podrían formar linajes locales como respuesta adaptativa ecológica y fisiológica al microambiente.