En el presente trabajo, se estudió el efecto de la variación del tiempo de residencia celular y el tipo de sustrato sobre el desempeño de un reactor batch secuencial (SBR). Se desarrolló un modelo matemático que permitió predecir la concentración de biomasa durante condiciones transitorias de operación en el reactor. El modelo se ajustó adecuadamente a los datos experimentales y permitió calcular el rendimiento observable en biomasa (Yobs) y el coeficiente de decaimiento endógeno (b) para un modelo de agua residual industrial con fenol (F) y un agua residual de industria láctea con suero de queso (SQ). Los resultados indicaron que el rendimiento observable para SQ (Yobs= 0.42 gSST/gSQ) fue menor que el obtenido para F (Yobs=0.89 gSST/gF). Sin embargo, en ambos casos aproximadamente el 50 a 55% del carbono presente en el sustrato fue transferido a la biomasa. Finalmente, el coeficiente de decaimiento endógeno de la biomasa para F fue tres veces mayor al obtenido cuando se empleó SQ.Centro de Investigación y Desarrollo en Criotecnología de Alimentos