En el diseño de las organizaciones se configuran una serie de elementos que pueden propiciar mayor efectividad o, por el contrario, crear condiciones que dificultan alcanzar los resultados que se desean. Tolbert y Hall (2009) resaltan la importancia de tres elementos en particular: la complejidad, la formalización y la centralización. En esta investigación hemos aplicado el modelo de estos autores a la estructura del Departamento de Educación de Puerto Rico con el objetivo de conocer cómo esos tres elementos coexisten en la estructura actual y qué posibles implicaciones tienen en su funcionamiento. Hemos llevado a cabo una investigación cualitativa utilizando métodos mixtos para recoger y analizar datos. Una parte importante de nuestros datos provienen del examen de documentos oficiales del Departamento. Examinamos reglamentos, políticas y leyes. También, obtuvimos datos mediante un cuestionario que contestaron 167 directores escolares. Encontramos que la estructura del Departamento es muy compleja, centralizada y formalizada. Esta combinación de elementos puede explicar varios de los problemas que confronta el Departamento en su funcionamiento. Finalmente, se ofrecen algunas recomendaciones que pueden contribuir a mejorar su desempeño.