The purpose of this study was to characterize strains of Pasteurella multocida isolated from lungs of 1-2 months old alpacas with signs of pneumonia, collected in 2014. The BOX-PCR technique was used to demonstrate genetic diversity among strains. Twenty-four strains of P. multocida were isolated from 46 animals through biochemical identification tests. The BOX-PCR analysis showed two amplified band patterns, where 22 strains were grouped in one cluster and two strains in another cluster. The present study showed genetic homogeneity in most of the strains, evidencing a common source of infection that affected the animals.El propósito del estudio fue caracterizar cepas de Pasteurella multocida aisladas de pulmones de alpacas de 1 a 2 meses de edad con signos de neumonía, colectados en 2014. Se utilizó la técnica de BOX-PCR para demostrar la diversidad genética entre las cepas. Se aislaron 24 cepas de P. multocida de 46 animales mediante identificación bioquímica. El análisis por BOX-PCR demostró dos patrones de bandas amplificadas, donde 22 cepas fueron agrupadas en un clúster y dos cepas en otro clúster. El presente estudio demostró una homogeneidad genética en la mayoría de las cepas, evidenciando una fuente común de infección que afectó a los animales.