Un total de 12 cestodos adultos se colectaron de los conductos biliares de ratones domésticos (Mus musculus) provenientes de Lima, Perú. Diversas características del escólex y proglotis maduros del cestodo fueron observadas para la identificación morfológica. Así mismo, se realizó un diagnóstico molecular mediante un PCR y secuenciación parcial del gen mitocondrial citocromo c oxidasa subunidad 1 (cox1). Todos los cestodos fueron identificados como Hymenolepis microstoma por morfología y métodos moleculares. El aislado de H. microstoma de Perú mostró una similitud de secuencia significativa (> 99%) con los aislados de H. microstoma previamente reportados. Nuestro informe confirma la presencia del parásito en ratones de Lima.