Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Biologia Vegetal, Florianópolis, 2013.Em rios, as assembléias de diatomáceas epilíticas são, geralmente, as que apresentam maior riqueza e densidade, dentre as demais algas. Por serem sésseis, as diatomáceas epilíticas respondem pontualmente às alterações no ambiente, propiciando sua utilização como indicadores da qualidade de água. No presente estudo o objetivo foi conhecer a composição e estrutura de assembléias de diatomáceas epilíticas da bacia hidrográfica do rio Itajaí e sua relação com algumas variáveis físicas e químicas da água e com o Protocolo de Avaliação Rápida (PAR), que mede a integridade ambiental a partir de dados físicos coletados in loco. Foram definidos 20 pontos amostrais, distribuídos em cinco sub-bacias pertencentes a bacia hidrográfica do rio Itajaí. A amostragem foi realizada em uma única ocasião entre abril e maio de 2009. Para verificar a similaridade entre os pontos amostrais estudados, foi realizada uma análise de cluster, utilizado o coeficiente de Bray-Curtis, a partir da matriz de espécies abundantes e dominantes. A análise quantitativa das amostras permitiu a determinação de 142 táxons infragenéricos, 51 gêneros e 26 famílias. Entre os táxons determinados, 125 pertencem à classe Bacillariophyceae, 10 pertencem à classe Coscinodiscophyceae e 7 à classe Fragilariophyceae. Hydrosera hexagona foi citada pela primeira vez para o Brasil. Os pontos apresentaram baixa similaridade entre si, demonstrando que a estrutura das assembléias das diatomáceas nos rios estudados é muito diversa e não esteve relacionada com o grau de integridade ambiental apontado pelo PAR. Com relação à distribuição dos táxons, foi observado uma tendência a riqueza e densidade maior de espécies do gênero Navicula, Gomphonema e Nitzschia em pontos amostrais onde a turbidez foi maior. Em pontos amostrais com baixa turbidez ou pouco sombreados e velocidade de corrente mais altas, constatou-se maior riqueza e densidade de espécies monorafídeas. <br>Abstract : In rivers, the epilithic diatom assemblages are generally those with the highest richness and density, among other algal communities. Because they are sessile, epilithic diatoms respond punctually to changes in the environment, allowing their use as indicators of water quality. This study focused on the composition and structure of epilithic diatom assemblages of the Itajaí river basin and their relationship with some physical and chemical parameters of water and the rapid assessment protocol (RAP), which measures the environmental integrity from physical data collected in situ. We defined 20 sampling points, sampled between April and May 2009. To verify the similarity among the sites studied, we conducted a cluster analysis, using the Bray-Curtis index, from the matrix of species abundant and dominant. Quantitative analysis of the samples allowed the determination of 142 taxa, 51 genera and 26 families. Among them, 125 belong to the class Bacillariophyceae, 10 belonging to the class Coscinodiscophyceae and 7 to the class Fragilariophyceae. Hydrosera hexagona was described for the first time to Brazil. The studied sites showed low similarity to each other, demonstrating that the structure of the diatom assemblages in the studied rivers is very diverse and was not related to the degree of environmental integrity appointed by RAP. In relation to distribution of taxa was observed a tendency for higher richness and density of species in the genus Navicula, Gomphonema and Nitzschia in sites where turbidity was higher. In sites with low turbidity and little shaded and high current velocity, there was greater species richness and density of monoraphids.