Predicción y análisis computacional de nuevas interacciones entre proteínas que participan en la patogenesis de helicobacter pylori

Abstract

La información de interacciones entre proteínas producto de experimentos a gran escala en humano y otros organismos eucariotes ha sido de gran valor para la comprensión a nivel de sistemas de diversos procesos biológicos. Sin embargo, en organismos procariotes se dispone de limitada información sobre las interacciones entre proteínas; siendo Helicobacter pylori (H. pylori) el primer organismo de este tipo estudiado a nivel de las interacciones entre proteinas. Para contribuir al entendimiento de la participación de las proteínas en la patogénesis de H. pylori, se construyó una red de interacción para 127 proteínas asociadas a patogénesis, combinado datos de interactomas obtenidos a nivel experimental, predicciones de alta confiabilidad y análisis in silico. La red resultante presentó un total de 330 proteínas con 1,271 interacciones. La predicción de nuevas interacciones entre proteínas se realizó mediante los métodos de búsqueda de interólogos y basados en el contexto genómico, en combinación con información derivada de experimentos de los interactomas disponibles y minería de datos. Todas las proteínas presentes en la red se agruparon de acuerdo a procesos celulares específicos, esto indica que el análisis realizado esta en concordancia con la evidencia experimental disponible de interacciones proteína-proteína.