Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências Agrárias. Programa de Pós-Graduação em Aqüicultura.Atualmente, a Mitilicultura mundial vem sofrendo com o aparecimento de algumas enfermidades causadas por parasitas, desencadeando pesquisas relacionadas à saúde destes moluscos. O presente trabalho desenvolveu estudos sobre parasitas, aprimorando a aplicação de técnicas de detecção de enfermidades em mexilhões Perna perna cultivados nas Baías Norte e Sul/SC, utilizando análises histológicas segundo os padrões da OIE (International Organization for Epizotias). Um total de 1427 mexilhões foram coletados, no período de agosto de 2006 a julho de 2007, provenientes de 4 locais da Grande Florianópolis: 3 de cultivos do tipo "long-line", no Ribeirão da Ilha, Ponta do Sambaqui e Enseada do Brito e 1 de costão, em Ponta das Canas. Mensalmente, cerca de 30 mexilhões adultos de cada local foram coletados, perfazendo 120 animais/mês. 63,6% dos indivíduos provenientes do costão da Praia de Ponta das Canas apresentaram bucefalose, a "enfermidade laranja" dos mexilhões. A quantidade de animais infestados nesse estoque natural foi o dobro do encontrado nos mexilhões dos outros locais. A bucefalose nos animais cultivados na região da Ponta do Sambaqui foi de 21,6%; no Ribeirão da Ilha, 32,1% e Enseada do Brito, 29,5%. Os mexilhões da Praia de Ponta das Canas também foram diferentes significativamente de outros locais com relação à polidiariose, infestação causada pelo poliqueto Polydora sp., apresentando baixa prevalência, com média mensal de 2%.